Gambaran Logo tersebut di desain dengan Filosofi:
*Lingkaran* berbentuk cincin/ Atol (yang artinya wilayah perairan merupakan sebuah lokasi dalam perlindungan (Kawasan Konservasi) , Kemitraan dalam bingkai Kolaborasi, persatuan, stabilitas, daya tahan, dan keberlanjutan saling terintegrasi antara lautan dan daratan mengedepankan desa/kelurahan, adat dan religi.
*warna biru laut dalam* artinya citra dari wilayah perairan, memiliki pesan Professionalitas, kedamaian, komunikatif, harmoni.
*kuning keemasan* melambangkan warna matahari karena Alor surga di timur Matahari. Pesan warna kuning (optimis, dan memunculkan energi positif), keemasan karena harapannya kedepan Kawasan Konservasi Taman Perairan Kepulauan Alor menjadi kawasan level emas.
*Silhouette Keanekaragaman Hayati* menunjukan Kekayaan Kehati di Alor, lumba lumba sebagai icon mamalia/setasea, ikan ekonomis penting, terumbu karang, lamun (representatif ekosistem laut).
*Moko* sebagai lambang kehormatan masyarakat di 15 Pulau di Kepulauan Alor.
